Přehledně: Omicron a nejznámější mutace viru SARS-CoV-2 v České republice

Pandemie nemoci covid-19 sílí. Aktuálně u nás dominuje varianta VOC Delta a její subvarianty AY.*. V Česku jsou potvrzeny první případy nové mutace viru omicron, která se do světa rozšířila z Jižní Afriky. Výskyt mutací mapují v Ústavu molekulární genetiky AV ČR. Čím se jednotlivé varianty vyznačují a co očekávat od nové mutace?

Existenci omicronu ohlásili vědci 24. listopadu. Poprvé ji zaznamenali v Jižní Africe, odkud se rozšířila do téměř 60 států světa. Nákaza se projevila také v České republice. První infikovanou byla žena z Liberce, která přiletěla z Namibie. Odborníci momentálně zjišťují chování mutace. Podle dosavadních dat se omicron šíří asi šestkrát rychleji než předchozí varianty. Jaká je aktuální situace a jaké poznatky zatím o omicronu máme? Ve videu odpovídá Jan Pačes z Ústavu molekulární genetiky AV ČR.

Mutace
Všechny viry časem mutují, SARS-CoV-2 rychlostí zhruba 25 mutací za rok. Mutace představuje změnu jednoho z 30 tisíc „písmen“ v genetické informaci viru. Označují se pomocí kódů, jako jsou třeba N501Y nebo K417T. Pro variantu je typická nějaká skupina mutací. „Viry se mezi sebou nekříží, postupně jenom přibírají mutace, díky kterým – když jsou to mutace výhodné – se šíří víc,“ vysvětluje Jan Pačes.

Podle dopadu na vývoj epidemie rozdělují odborníci aktuální varianty do čtyř kategorií: variantu s významným následkem, variantu hodnou pozornosti, kam byla zařazena nová omicron, varintu hodnou zájmu a sledovanou variantu. 

Přinášíme přehled tří nejrozšířenějších variant. Ve všech případech jde o takzvané varianty hodné pozornosti. To znamená, že existují důkazy o jejich zvýšené infekčnosti, závažnějším průběhu onemocnění, ztížené diagnostice a slabší účinnosti léčby nebo vakcín.

Beta varianta, tzv. jihoafrická (B.1.351)
Objevila se v Jihoafrické republice počátkem října minulého roku. Sdílí některé mutace s Alfa variantou (B.1.1.7), tzv. britskou. Rozšířila se ve více jak 40 státech světa. Její přítomnost potvrdila v únoru 2021 také Česká republika. U některých mladších pacientů způsobuje kritická onemocnění a také může napadnout ty, kteří už covid-19 prodělali. Zejména kvůli mutacím K417N a E484K virus lépe uniká imunitnímu systému a vyžaduje vyšší množství protilátek, které jsou potřebné k ochraně buněk před infekcí.

Gama varianta, tzv. brazilská (P.1)
Poprvé ji detekovali na začátku ledna 2021 v Tokiu u čtyř turistů, kteří přiletěli z brazilského státu Amazonas. O několik dní později se potvrdila také v samotné Brazílii, kde stála v březnu 2021 za většinou nákaz. Varianta obsahuje sadu dalších mutací, které mohou ovlivnit její rozpoznávání ochrannými protilátkami. Včetně biologicky významných záměn aminokyselin ve spike proteinu. Všechny zvyšují infekčnost viru. Klíčové mutace K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y jsou podobné jako u beta varianty, ale obě vznikly nezávisle na sobě.

Delta varianta, tzv. indická (B.1.617.2 a AY.*; 21A; G/452R.V3)
Varianta delta způsobila výraznou vlnu v Indii na jaře letošního roku. Vykazuje zvýšenou infekčnost i odolnost vůči protilátkám. Poprvé ji zjistili v Indii v prosinci 2020 a v dubnu se dostala také do Česka. V současné době se u nás nejvíce vyskytuje varianta VOC delta a její podvarianta AY.43. V posledních 12 týdnech činí podíl této varianty zhruba pětinu osekvenovaných vzorků nejen v Česku, ale i v okolních zemích a její procento narůstá.

Je potřeba vědět, jaké varianty se u nás vyskytují, říká Jan Pačes.

Sekvenace v Akademii věd ČR
Mutace se dá zjistit pomocí takzvané sekvenace. Jedná se o přečtení celé genetické informace viru, izolovaného z pacienta, a následnou podrobnou genetickou analýzu. Sekvenováním a monitorováním variant a mutací se zabývá Národní referenční laboratoř pro chřipková a nechřipková respirační virová onemocnění, což je pracoviště Státního zdravotního ústavu. Kapacitně ale nestačilo.

Ve spolupráci s Ústavem molekulární genetiky AV ČR proto vznikla iniciativa COG-CZ (koronavirové genomy v ČR). Účastní se jí několik institucí, které společně začaly se systematičtějším sekvenováním podle standardů doporučených například Světovou zdravotnickou organizací nebo Evropským střediskem pro prevenci a kontrolu nemocí. Výstupem jsou jednak odborné reporty a jednak anonymizovaná databáze vzorků osekvenovaných v ČR.

Očkování funguje
Podle výzkumu amerických vědců mají v případě delta varianty vakcíny Pfizer-BioNTech a Moderna sedmkrát nižší účinnost než u té, která se šířila v začátcích pandemie. Nicméně i proti delta variantě mají efekt. Podle všeho poskytují vysokou ochranu přinejmenším před těžkým průběhem. Odborníci tedy radí, aby dosud neočkovaní lidé nedělali chybu a nechali se naočkovat. „Očkování je nejlepším způsobem, jak se pandemie zbavit,“ zdůrazňuje molekulární genetik.

Počet nakažených lidí v Česku je vysoký. Aby v současné situaci dobře dopadly Vánoce, doporučuje Jan Pačes dodržovat známá opatření: „Informace, jak se pandemie zbavit, nemá jen naše vláda, ale má je každý z nás.“

Text: Zuzana Šprinclová, Jan Klika, Divize vnějších vztahů SSČ AV ČR
Foto: Shutterstock; archiv Jana Pačese

 Text je uvolněn pod svobodnou licencí Creative Commons.

Přečtěte si také

• Jak se mozek zotavuje po mrtvici? Odpovědi přináší studie českých vědců
• Čirok produkuje unikátní pyl. Může být cestou k pěstování odolnějších plodin
• Jak opravit míchu: Kristýna Kárová zkoumá možnosti obnovy nervových buněk
• Prodělali jste černý kašel? Přihlaste se do unikátní studie českých odborníků
• Jak buňky reagují na stres? Tým zpřesnil popis vzniku protistresového proteinu
• I v oddělení biologie nádorů může být sranda, říká Veronika Vymetálková
• Vědci z Akademie věd popsali, jak fungují molekulární nůžky na stříhání RNA
• Vědci odhalili mutace, které spouštějí leukémii. Jejich objev může pomoci léčbě
• Změny v DNA a karcinogenní účinky: I to může odhalit toxikologický inkubátor
• Ječmen „live“: Češi jako první na světě umí živě sledovat dělení jeho buněk