Nová databáze DNA představuje vzorky ze starodávných lidských populací
15. 03. 2019
Z archeologických nálezů, jejiž stáří se pohybuje mezi 2 - 30 000 lety, získávají vědci genetickou informaci, tzv. starodávnou DNA. Vzorky starodávné DNA nyní katalogizuje nová specializovaná databáze, kterou připravil tým expertů z Ústavu molekulární genetiky Akademie věd ČR. Databáze obsahuje také interaktivní mapu lokalizace vzorků. Je volně přístupná na adrese http://amtdb.org.
Analýza vzorků ze starých populací byla donedávna obtížná i vzhledem k tomu, že vzorky byly poškozené vlivy prostředí. Metodický pokrok jak v izolaci a zpracování starodávné DNA, tak v sekvenačních technikách nyní umožnil analyzovat čím dál tím starší vzorky.
Náhled zobrazující funkce databáze AmtDB
Databáze Ancient mtDNA database se zaměřuje na takzvanou mitochondriální DNA (mtDNA), která označuje DNA nacházející se v mitochondriích, tzn. v organelách, ve kterých díky buněčném dýchání vzniká energeticky bohatý adenosintrifosfát. Tato mitochondriální DNA se dědí po mateřské linii a představuje jeden z klasických genetických znaků lidské populační genetiky, především kvůli dobře popsané geografické variabilitě (rozdíly mezi prostorově oddělenými populacemi) mitochondriálních linií. Protože jsou mitochondriální genomy poměrně malé a vyskytují se v každé buňce těla ve více kopiích, je mitochondriální DNA dobrým materiálem pro studium genetické informace ze starodávných vzorků.
Zdroj informací nejen pro odborníky
Nová databáze, kterou uspořádali vědci z Oddělení genomiky a bioinformatiky Ústavu molekulární genetiky, obsahuje více než 1100 vzorků úplné sekvence mtDNA a sadu identifikátorů. Mezi ně patří například místo nálezu, datace, detaily o archeologické skupině či kultuře spojené s lokalitou nebo odkazy na publikaci.
Všechny informace z databáze jsou volně ke stažení. Databáze má sloužit jako nástroj pro odborníky zabývajícími se výzkumem starodávné DNA a přidružených oborů (archeologie, antropologie, genetická genealogie). Je rovněž užitečným zdrojem informací pro všechny, které zajímá historie populací nejenom na území střední Evropy.
Další informace v publikaci:
Ehler, E., Novotný, J., Juras, A., Chyleński, M., Moravčík, O. and Pačes, J., 2019. AmtDB: a database of ancient human mitochondrial genomes. Nucleic Acids Research, 47(D1), D29-D32.
doi: 10.1093/nar/gky843
Pubmed PMID: 30247677
Související články:
Vědci popisují vznik a funkci zcela nových genů v DNA
Připravil: Martin Jakubec, Ústav molekulární genetiky AV ČR, ve spolupráci s Markétou Růžičkovou, Odbor mediální komunikace Kanceláře AV ČR
Uvodní foto: Ústav molekulární genetiky AV ČR a iStock
Přečtěte si také
- Vědecká rada na návštěvě v Dolních Břežanech
- Akademický sněm uvítal navýšení rozpočtu. „Je to pozitivní zpráva,“ řekla předsedkyně
- Odborníci hovořili o potenciálu a rizicích genetických modifikací
- ČR hostila 68. plenární zasedání ESFRI
- Potřebujeme ucelenou strategii pro boj se suchem, shodují se čeští odborníci
- Bez omezení benzinové a naftové dopravy nelze splnit cíle Pařížské dohody
- Kosti dokážou to, co kůže a krev. Unikátní výzkum publikoval časopis Nature
- Do Fyziologického ústavu putuje ocenění HR Excellence in Research Award
- AV ČR vydala stanovisko k evropskému rámcovému programu Horizon Europe
- Cesta do budoucnosti transferu technologií. Část druhá – Los Angeles
Humanitní a filologické vědy
Vědecká pracoviště
- Etnologický ústav AV ČR
Filosofický ústav AV ČR
Orientální ústav AV ČR
Slovanský ústav AV ČR
Ústav pro českou literaturu AV ČR
Ústav pro jazyk český AV ČR
Výzkumné projekty ústavů této sekce mají rovněž význam pro celonárodní kulturu a vzdělanost. V literární vědě je třeba nově zpracovat poválečné období české literatury, včetně literatury nezávislé. Naproti tomu klasická studia se soustřeďují na latinské písemnictví v našich zemích a na soupis našich literárních památek do r. 1800. Jazykověda se orientuje na výzkum národního jazyka a jeho historického vývoje v jeho spisovné i nespisovné podobě. Pozornost filozofie je upřena ke studiu filozofických směrů 20. století - k fenomenologii, filozofii existence, ale i k analytické filozofii a teorii vědy - stejně jako k odkazu myslitelů jako J. A. Komenský či J. Patočka. Literatura a jazyky slovanských zemí jsou předmětem naší slavistiky. Orientalistika, která má u nás dlouhou tradici, se věnuje studiu orientálních jazyků, dějinám a kultuře Předního východu, Indie, Číny a arabského světa. Etnografie a folkloristika se vedle tradičních témat hmotné a duchovní lidové kultury zabývá i aktuálními problémy etnických studií emigrace a reemigrace i adaptací jiných etnik v českém prostředí. Rovněž výzkum české hudební kultury je příspěvkem této sekce k poznání a ochraně našeho kulturního dědictví. Sekce zahrnuje 6 ústavů s přibližně 360 zaměstnanci, z nichž je asi 250 vědeckých pracovníků s vysokoškolským vzděláním.